按规定，只须你的软件享受著作权法的保护，那样后面如果没经过你的允许，就擅自用你的软件的，那就是在侵犯你的著作权。如果其他公司没经过你的允许，擅自用你公司研发的盗版软件，即便他可能不是真的的盗版人，但你依然可以采取手段维权。

实质中，你公司自主开发的软件，如果发现失窃版了，那就能直接找盗版人需要赔偿。如果只不过发现用盗版你们软件的公司，毕竟公司一般用人数较多，如果用他们的盗版软件，将给你带来较大损失，你同样可以采取手段维权。

在这件事情中，一般可以先进行公证，保全目前的证据，然后起诉赔偿。如果你损失较多的，建议还是准时委托律师代理诉讼。

在起诉维权的时候，你可以参考国内《著作权法》规定，需要他们赔偿损失。实质中，你可以先确定损失赔偿额，赔偿损失的计算方法有下面三种：

1、根据权利人的实质损失给予赔偿，你作为软件著作权的权利人，你可以根据我们的遭受的损失计算损失，一般从你一个人这边找损失很容易。

2、根据侵权人的违法所得给予赔偿，如果侵权的那方不愿给所得数额的话，或是不配合有所隐瞒的，即使你取不到证据，法院方面也会按你的需要去取证。所以，这一点你不需要担忧找不出证据。

3、依据“法定赔偿”给，在权利人的实质损失或者侵权人的违法所得不可以确定时，也有去法院起诉的，那样法院就会依据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。虽然可能非常难确定实质损失或是违法所得，但，法院只须依据具体情节，还是可以确定具体的赔偿额。

最后，一般发现一家公司用你企业的盗版软件，为防止损失，还是要找到实质的盗版人。如果损失较大的，建议还是准时委托个专业律师参加诉讼。